マイクロプレートの表面処理は、実験結果の精度と再現性にとって非常に重要です。一般的な表面処理には、親水性および疎水性のオプションがあります。親水処理により表面の水との親和性が高まり、ウェル内での液体の広がりが促進され、気泡の形成が最小限に抑えられ、ピペッティングの精度が向上します。この方法は、ELISA や細胞培養など、液体の分注と混合を必要とする実験でよく使用されます。逆に、疎水性処理によりウェル壁への液体の滞留が軽減され、サンプル間の相互汚染が防止されるため、実験の精度が向上します。このアプローチは、免疫組織化学など、洗浄およびすすぎのステップを伴う手順で一般的に使用されます。
さらに、一部のマイクロプレートには、特定の生体分子の吸着能力を高めるために、タンパク質や抗体などの生体分子の共有結合などの特殊な表面処理が施されており、それによって実験の感度と特異性が向上します。

